Zur Lösung eines komplexen Problems ist es sinnvoll, das Gesamtproblem in mehrere Teilprobleme zu zerlegen. Durch diese Unterteilung lassen sich Anschaulichkeit und Übersichtlichkeit bewahren. FORTRAN unterstützt dies durch Unterprogramme, die für sich selbständige Teilprogramme darstellen. Die Verwendung von Unterprogrammen hat einige Vorteile:
Außerdem existieren für etliche Problemstellungen (Berechnung mathematischer Funktionen) bereits fertige Unterprogrammbibliotheken, die durch entsprechende Aufrufe in beliebigen Programmeinheiten verwendet werden können.
Ein fertiges Programm besteht somit mindestens aus einem Hauptprogramm, das mit einer PROGRAM-Anweisung beginnt, und gegebenenfalls einem oder mehreren Unterprogrammen. Jedes dieser Unterprogramme stellt eine Programmeinheit dar, die aus einer Reihe von FORTRAN-Anweisungen mit wahlweise eingestreuten Kommentaren besteht, und die mit einer END-Anweisung abgeschlossen werden muß, siehe auch Abschnitt 4.2.2. Unterprogramme können nur zusammen mit einem Hauptprogramm ausgeführt werden.
Ein Vereinbarungsunterprogramm enthält keine ausführbaren Anweisungen und wird daher als nichtausführbares Programm bezeichnet. Es beginnt mit einer BLOCKDATA-Anweisung, und in ihm kann man alle möglichen Vereinbarungen treffen (Typdefinitionen, COMMON-Blöcke, Feldvereinbarungen) und z.B. Größen in benannten gemeinsamen Speicherbereichen (COMMON-Blöcke) Anfangswerte zuweisen.
Ausführbare Unterprogramme sind Subroutinen und (benutzerdefinierte) Funktionen, die mit einer SUBROUTINE- bzw. FUNCTION-Anweisung beginnen und mit einer END-Anweisung enden. Ein Unterprogramm kann Größen von der rufenden Programmeinheit über eine Parameterliste und/oder über gemeinsame Speicherbereiche übernehmen, verarbeiten und auch an die rufende Programmeinheit zurückgeben. Eine Subroutine stellt die Lösung einer abgeschlossenen Teilaufgabe dar. Ihr Aufruf erfolgt über eine besondere Anweisung.
Eine Funktion wird ausschließlich in (arithmetischen, logischen oder Zeichen-) Ausdrücken verwendet; sie liefert über ihren Namen einen Funktionswert als Operanden für den Ausdruck. Die vier Arten von Funktionen sind benutzereigene interne und externe Funktionsunterprogramme (FUNCTION), Formelfunktionen (Statement function), sowie vordefinierte Funktionen, die von FORTRAN fix und fertig zur Verfügung gestellt werden. Prinzipiell ist Fortran95 zur Rekursion, also der Möglichkeit eines Unterprogrammes sich selbst direkt oder indirekt aufzurufen, fähig. Es wird jedoch kein Bestandteil dieses Skriptes sein und sollte bei Bedarf in weiterführender Literatur nachgeschlagen werden. Erwähnt werden soll nur noch, daß sie mit Vorsicht genossen werden sollte, da die Gefahr der Endlos-Rekursion besteht!