Hierzu sind schon bei 8-Bit-Mikroprozessoren Befehle zur Steuerung des Befehlsablaufs zu finden. Leer- und Pausenbefehle (NOP -- no operation): der Prozessor führt einen Befehls-Zyklus ohne Registerbeeinflussung aus; z.B. für Zeitverzögerungen. Haltbefehl HALT: der Prozessor stoppt die weitere Programmausführung und wartet auf ein Interruptsignal, um das Programm fortzufahren; z.B. zur Synchronisation des Programmablaufs mit externen Ereignissen. Interrupterlaubnis: im einfachsten Fall wird der maskierbare Interrupteingang des Prozessors mit dem Befehl EI (enable interrupt) geöffnet und mit DI (disable interupt) blockiert.
Weitere, von der Struktur des Prozessors abhängende Steuerbefehle beeinflussen den Interruptmodus, erlauben die Veränderung von Statusregistern, realisieren den Aufruf des Systemmodus usw.